Романное время охватывает целую эпоху, ограниченную, однако, рамками деятельности центрального героя — Петра I, которого писатель показывает на протяжении 25 лет. Действие романа разворачивается на необозримом географическом пространстве: от Черного моря до Архангельска, от Балтийского моря до Урала; из России оно переносится в европейские столицы и города. Вместе с Петром и "птенцами гнезда Петрова" писатель провёл нас во дворцы шведского короля Карла XII и польского короля Августа, курфюрста Саксонского, турецкого султана; показал нам поля сражений и морские походы, военные лагеря и неприступные крепости, крестьянскую избу, топящуюся по-черному, раскольничий скит, роскошный меншиковский дворец и богатое купеческое подворье. Как видим, размах огромен. А собственно историческая судьба главного героя определила композицию романа. В первом томе А. Н. Толстой нарисовал детство и раннюю молодость Петра. Исторически это очерчивается возвращением Петра из первого заграничного путешествия и событиями стрелецкого бунта. Во втором томе воссоздал первый период преобразовательной деятельности Петра, включающий в себя начало Северной войны и основание Петербурга. Третья книга романа написана в последний период творчества и осталась незавершенной. Алексей Толстой утверждал, что "третья книга — самая главная часть романа", так как она относится к наиболее интересному периоду жизни героя и в ней должны быть осуществлены все основные задачи, которые писатель ставил перед собой, приступая к созданию "Петра Первого". По словам А. В. Алпатова, несмотря на то, что Толстому не удалось реализовать полностью намеченный им план третьей книги, шесть написанных глав развертывают перед нами богатое содержание. В повествовании обозначились новые горизонты, проступили новые сюжетные линии... Гораздо большую завершенность и яркость приобрёл образ Петра. Основу содержания третьей книги составили темы крепнущей военной мощи России и культурного подъёма русского общества, победы нового в патриархальном укладе старой Руси. Все разнообразные эпизоды, сюжетные линии расположились вокруг этих двух центров, притягивающих к себе материал третьего тома. Три книги, составляющие роман, связаны воедино и развитием сюжета — постепенное становление нового русского государства и личности Петра — и общими для всех трех книг героями. Личная судьба царя-реформатора крепко спаяна в романе с исторической судьбой России. Чутко улавливая назревшую потребность коренных изменений жизни Российского государства, царь начал действовать решительно. Толстой показал, как сама эпоха выбрала Петра, как исторические обстоятельства формировали те качества его личности, которые помогли ему пробудить Россию от вековой спячки, вывести ее на новый этап развития, когда уже не призраки торговых кораблей, а настоящий российский флот вышел в море и русские закрепились на Балтийском побережье, где началось строительство города-крепости. Таким образом, композиция романа связана с главной творческой задачей писателя — показать "становление личности в эпохе". Этой художественной задаче подчинены все компоненты произведения. Особенно значительно, с точки зрения художественного раскрытия толстовской концепции роли личности в истории, сопоставление образов Петра и Василия Голицына. Просвещенный мечтатель, Голицын так же, как Петр, осознавал необходимость решительного общественного и государственного преобразования России, но личная слабость, пассивность, нерешительность привели его в лагерь реакционных сил. В систематическом противопоставлении Голицыну и Софье писатель рисует Петра в развитии, в неуклонном движении его личности вперед. Принцип контраста выдерживался Толстым и в последующих главах романа. Петр постоянно, но ненавязчиво противопоставлялся королю Августу ("шармант и симпатию"), грубому и ограниченному солдафону — Карлу, твердокаменному коменданту Нарвы — Горну, а также ближайшим сподвижникам — Францу Лефорту и Александру Меншикову. Из множества эпизодов и картин складывался достоверный художественный мир, в центре которого царь-преобразователь и его деятельность. Противоречивый образ государя был связующим звеном всех событий и судеб в романе. В характере Петра и его деятельности ярко проявились главные устремления эпохи, ее сущность. Алексей Толстой сумел дать художественное исследование целой эпохи, правдиво изобразить масштабы деятельности своего героя и оценить его историческое место. К сожалению, смерть писателя остановила работу над рукописью, и роман завершился победой русских войск под Нарвой, хотя первоначально Алексей Толстой предполагал довести повествование о Петре до Полтавской битвы. Темой романа Алексея Толстого была, так прекрасно раскрытая им, одна из ключевых эпох России — Петровская эпоха, которая оказала огромное влияние на всё дальнейшее развитие нашей страны.
